Em janeiro de 1962, foi realizada a “I Semana de Planejamento da UFG”, que contou com a participação dos professores Darci Ribeiro, Reitor da Universidade de Brasília (UnB), que discorreu sobre a estrutura de institutos básicos e faculdades da UnB, e Ernesto Luiz de Oliveira Júnior, do ITA, que abordou a questão da evolução do ensino superior no Brasil e a necessidade de sua transformação para sanar as deficiências tecnológicas do país. O Diretor da Escola de Engenharia, Prof. Gabriel Roriz, assistiu a palestra de Oliveira Júnior e, quando terminou, declarou e perguntou “Professor Oliveira Júnior, eu adorei as suas ideias, o que eu faço para implantá-las?” O Professor Oliveira Júnior, entregando-lhe um cartão, respondeu: “O senhor vá ao ITA, procure por Paulus Pompéia”. O Prof. Gabriel Roriz, por conta própria, visitou o ITA em São José dos Campos e acertou a vinda para a UFG dos professores Leônidas Hegenberg e João Martins, que seriam encarregados, respectivamente, de coordenar a criação e instalação do Instituto de Matemática e do Instituto de Física. A proposta original apresentada pelo Prof. Gabriel Roriz à Reitoria da UFG tratava assim da criação de dois institutos básicos estruturados nos moldes do ITA. Entretanto, os cursos de Licenciatura em Matemática e Licenciatura em Física já estavam em andamento na FFCL-UFG, e contavam com professores que acumulavam cátedras de disciplinas na Escola de Engenharia e na FFCL-UFG, que se opunham à criação de institutos básicos. As circunstâncias políticas internas da UFG inviabilizaram assim a vinda dos dois professores do ITA, e a proposta original do Prof. Gabriel Roriz foi então substituída pela proposta de criação de um instituto comum, o Instituto de Matemática e Física (IMF), que foi aprovada pelo Conselho Universitário da UFG em 23 de novembro de 1963.

Em 1964, o Brasil já contava com as seguintes universidades: Universidade de São Paulo, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Universidade do Rio Grande do Sul, Universidade Federal de Minas Gerais, Universidade Católica do Rio de Janeiro, Universidade Rural de Minas Gerais, Universidade Católica de Minas Gerais, Universidade da Bahia, Universidade do Recife (futura Universidade Federal de Pernambuco), Universidade Rural de Pernambuco, Universidade Católica de Pernambuco, Universidade do Estado da Guanabara (futura Universidade do Estado do Rio de Janeiro), Universidade Católica de São Paulo, Universidade Mackenzie, Universidade do Paraná, Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Universidade do Pará, Universidade do Rio Grande do Norte, Universidade do Maranhão, Universidade do Ceará, Universidade da Paraíba, Universidade de Alagoas, Universidade Católica de Salvador, Universidade de Juiz de Fora, Universidade do Espírito Santo, Universidade Rural do Rio de Janeiro, Universidade Católica de Petrópolis, Universidade Católica de Campinas, Universidade Católica do Paraná, Universidade Católica Sul Riograndense, Universidade de Santa Catarina, Universidade Rural do Sul, Universidade de Pelotas, Universidade Católica de Goiás, Universidade Federal de Santa Maria, Universidade Federal de Goiás, e Universidade de Brasília. Dessas 37 universidades, 26 eram estaduais e federais, e 10 pertenciam a instituições confessionais. O número total de alunos de graduação era de 142386, com 58% distribuídos nos cursos de Direito (30974), Ciências Econômicas (14360), Medicina (15183), Odontologia (5946), Engenharias (12464), e Agronomia (3751). Das dez diferentes modalidades de engenharias, 40% dos alunos cursavam Engenharia Civil. Os alunos matriculados nos cursos de Matemática (86), Física (89), Química (22), e História Natural (109), somavam apenas 0,2% do número total de alunos. ___________________________________________________________________

Com a implantação do IMF, vieram para Goiânia os professores Germano Braga Rego, Geraldo Alves Ferreira, Gerson Mucillo, Guy Ribeiro de Andrade, Odécio Sanches, Juarez Milano, Agenor Cortarelli, e Sérgio Pedro Schneider. Da Escola de Engenharia, o IMF recebeu os professores Elder Rocha Lima, Eurico Calixto Godoy, Hermógenes Coelho Junior, René Ayres Carvalho, Fritz Koehler, Saleh Jorge Daher, Tiettre Couto Rosa e Walter Brokes, e da Escola de Agronomia, o professor Wilson Natal e Silva. Este conjunto de professores, distribuídos pelos departamentos de Matemática e de Física, formou o primeiro corpo docente do IMF, tendo o professor Willie Alfredo Maurer como Diretor. Entretanto, o Regime Militar implantado em 31 de março de 1964 e suas consequências na UFG implicaram no afastamento de vários professores, sob acusação de atividades subversivas. Mas sobre essa questão, o general Castro e Silva, presidente da Comissão Especial de Inquérito que atuou em Goiás, declarou em seu relatório que “tarefa de grande importância foi executada pelo diretor do DOPS-Goiânia, .........., consistindo na destruição do fichário de todos os comunistas e falsificação de novas fichas, onde elementos completamente inocentes passaram a figurar como comunistas militantes”. Assim, na UFG uma Comissão de Expurgo, composta de início por professores que se opunham à continuidade do IMF, tentou inclusive acusar o Prof. Gabriel Roriz de atividades subversivas, por ter se recusado a acatar a portaria de afastamento de professores. O Reitor Colemar Natal e Silva pretendeu então, por outra portaria, destituir o Prof. Roriz do cargo de Diretor da Escola de Engenharia. Ciente dos seus direitos e deveres, o Prof. Roriz, que fora nomeado Diretor da Escola de Engenharia pelo Presidente Jânio Quadros, e não pelo Reitor da UFG, se recusou a tomar conhecimento dessa nova portaria, o que forçou o Reitor a aceitar sua permanência no cargo. No I semestre de 1965, a questão administrativa e política acabou provocando a intervenção do Conselho Federal de Educação na UFG e o afastamento do Reitor Colemar Natal e Silva. A sobrevivência do IMF, “tratado como um órgão espúrio, concebido à margem da lei e do orçamento”, talvez se deva então apenas à magnanimidade do Reitor Pró-Tempore José Martins d ́Alvarez, que “estava munido de credenciais para promover sua liquidação sumária”. Mesmo assim a questão política teve efeitos sobre o quadro docente do IMF. Afastado da UFG, René Ayres de Carvalho, por exemplo, tornou-se depois um dos pioneiros da Física no Instituto de Física e Química de São Carlos. O Prof. René Ayres foi anistiado em novembro de 1987, mas não podendo reassumir, renunciou ao seu cargo de professor do Departamento de Física. Sua vaga foi posteriormente ocupada por meio de concurso pûblico de provas e tîtulos.

Em 1966, quatro alunos do IMF concluíram os cursos de licenciatura, três em Matemática (um deles, Genésio Lima dos Reis, futuro professor do IMF e Professor Emérito da UFG), e um em Física (Otaciro Rangel Nascimento, futuro professor do Instituto de Física e Química de São Carlos, agraciado com a Medalha de Honra – UFG em 2014).

Em 1968, o Governo Militar implantou a Reforma Universitária, inspirada em grande parte no modelo da UnB, que foi elaborado pela elite intelectual e científica do Brasil por ocasião da construção de Brasília. O Plano de Reestruturação da UFG mantinha então o IMF e o Instituto de Patologia Tropical (IPT, criado em 1967); criava dois novos institutos, o Instituto de Química e Geociências (IQG) e o Instituto de Biologia (ICB); criava também o Instituto de Artes (IA), a partir do Conservatório de Música; mantinha as faculdades de Engenharia, Direito, Medicina e Agronomia e Veterinária; desdobrava a Faculdade de Farmácia e Odontologia em Faculdade de Farmácia e Faculdade de Odontologia; e a partir da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras, criava o Instituto de Ciências Humanas e Letras (ICHL) e a Faculdade de Educação. Esta nova estrutura da UFG foi aprovada pelo Presidente General Artur da Costa e Silva conforme Decreto 63817, de 16 de dezembro de 1968. Em consequência dessa reestruturação da UFG, os professores Tiettre Couto Rosa e Maria Auxiliadora Alves Barbosa Coelho, responsáveis por disciplinas de Química no IMF, foram transferidos para o novo Instituto de Química e Geociências.

A reforma universitária introduziu o regime de tempo integral nas universidades federais, reforçando assim os grupos de pesquisa básica e institucionalizando a pós-graduação em departamentos e institutos. Na década de 70 foram criados o Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT) e a Financiadora de Estudos e Projetos (FINEP). Com isso, a formação de mestres e doutores em universidades do país passou a crescer a uma taxa anual de 12%.

Em maio de 1969 o Prof. Juarez Milano encaminhou ao MEC os documentos necessários para o reconhecimento do IMF e dos cursos de Matemática e de Física. Um “Atestado de Vida e Residência”, assinado por um Delegado de Polícia, fazia parte da documentação de todos professores. O corpo docente do Departamento de Matemática era então composto pelos professores: Evaristo Bianchini Sobrinho (Licenciado em Matemática, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro, 1967), Geblin Antônio Abraão (Bacharel em Matemática, Universidade de Brasília, 1968), Genésio Lima dos Reis, Licenciado em Matemática, UFG, 1966, e Mestre em Matemática, IMPA, 1969), Gerson Muccillo (Licenciado em Matemática, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro, 1963), Hermógenes Coelho Júnior (Engenheiro Civil, Escola de Engenharia, UFG, 1962), José Carlos Barbosa (Licenciado em Matemática, Universidade Mackenzie, 1965), Juarez Milano (Licenciado em Matemática, Universidade Católica de São Paulo, 1960, Professor Auxiliar do ITA, 1960-1961), Luiz Antônio Vieira de Carvalho (Licenciado em Matemática, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Presidente Prudente, 1968), Maria de Lurdes Fonseca (Licenciada em Matemática, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro,1962), Saleh Jorge Daher (Engenheiro de Minas, 1948, e Engenheiro Civil, 1949, Escola de Minas de Ouro Preto, Master of Science, Northeastern University, Boston, USA, 1968), Titose Kosaka (Licenciada e Bacharel em Matemática, Universidade Mackenzie, 1967), e Walter Brockes (Engenheiro Civil, Universidade do Paraná, 1956).

O corpo docente do Departamento de Física era composto pelos professores: Antonio José Pio Ghilardi (Licenciado em Física, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro, 1966), Antonio Santôro (Licenciado e Bacharel em Física, Universidade Mackenzie, 1967), Fritz Koehler (Físico e Engenheiro, Universidade de Greifswald, Alemanha), Gabriel Roriz (Engenheiro Civil e Eletrotécnico, Escola de Engenharia de Juiz de Fora, 1947), Geraldo Alves Ferreira (Bacharel em Física, Universidade do Brasil, 1963), José Valter Cotegipe Pélico (Licenciado em Física, Universidade Mackenzie, 1965), Mário Rizério Leite (Médico, Faculdade de Medicina da Bahia, 1937), Thomaz Ghilardi Neto (Licenciado em Física, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro, 1966), e Vasco Nogueira de Almeida (Licenciado em Física, Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro, 1966). O Departamento de Física contava também com o técnico de laboratório Ecilo Costa Vilela. Os documentos encaminhados ao MEC foram acompanhados por fotos dos laboratórios e outras dependências do IMF, que ainda ocupava o Bloco II da Escola de Engenharia. De acordo com as fotos dos laboratórios, já existia uma “sala de pesquisa”. O Parecer do Conselho Federal de Educação (CFE 1586-69) reconhecendo o IMF e os cursos por ele oferecidos foi aprovado em 10 de outubro de 1969; o Decreto 65874 foi aprovado pelo Presidente General Emílio G. Médici e o Ministro da Educação Coronel Jarbas Passarinho, em 15 de dezembro de 1969.

Uma vez encerrado o “milagre econômico” do Governo Militar, no final da década de 70 a deterioração dos salários e a falta de verbas de custeio provocaram uma grave crise nas Universidades Federais, que culminou com a primeira greve geral em todo país, deflagrada pela UFG em 1980, por Professores de Física e de Matemática, com o apoio do Diretor do IMF na época, o Prof. Juarez Milano. Desta greve nacional resultou uma nova estrutura de carreira acadêmica, com as classes de Professor Auxiliar, Professor Assistente e Professor Adjunto, cada uma delas com quatro níveis com dois anos de duração, com possibilidade de ascenção de uma classe para outra por titulação, e de um nível para outro, por desempenho. Uma nova estrutura de carreira que passou assim a valorizar a qualificação e o desempenho dos docentes. Durante a greve foram também criadas a Associação de Docentes da Universidade Federal de Goiás (ADUFG) e a Associação Nacional de Docentes de Ensino Superior (ANDES). Uma das consequências da greve foi ainda o enquadramento questionável de muitos professores colaboradores como professores efetivos. Apesar disso os ganhos para o ensino superior como um todo foram muito significativos, com uma nova estrutura de carreira que exigia uma qualificação docente avançada e estimulava o regime de tempo integral nas instituições.

Desde sua implantação, o IMF sempre estimulou e apoiou a qualificação do seu corpo docente, sem restrições quanto ao afastamento de docentes para a realização de cursos de pós- graduação em outras instituições no Brasil e no exterior. Em 1977, o Programa de Desenvolvimento do IMF já previa a criação do curso de graduação em Ciências da Computação e dos próprios cursos de pós-graduação em Matemática e em Física, e também de um núcleo de pesquisas geofísicas e geológicas. De acordo com esse Programa, em 1984 foram criados o Departamento de Estatística e Informática e o curso de graduação em Ciências da Computação. As atividades de pós-graduação tiveram início ainda em 1977 com o Programa de Mestrado em Matemática, e foram ampliadas com a criação do Curso de Aperfeiçoamento em Física, em 1977, e do Programa de Mestrado em Física, em 1992.

No II semestre de 1996, de acordo com a nova estrutura administrativa da UFG aprovada pelo Conselho Universitário, e como consequência natural do crescimento dos seus três departamentos, o Instituto de Matemática e Física foi dividido em três institutos básicos independentes, o Instituto de Matemática e Estatística, o Instituto de Física, e o Instituto de Informática.